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【厦大人的一天】一篇Science文章的发表
[ 作者: 厦门大学   来源: 宣传部 黄伟彬   发布日期: 2015/12/28   浏览次数: 887 ]
         早上八点,林森杰教授坐上了开往翔安校区的校车。而其实,他的工作开始于两小时前。六点起床后,他先评审了一个国家基金委委托的项目。早在2005年,林森杰教授就拿到了美国康涅迪克的终身教职,但2010年,他还是报名了“千人计划”,毅然回到厦大。

  位于翔安校区东门旁的周隆泉楼,就是近海海洋环境科学国家重点实验室的所在地。走上三楼,左手边就看到了一堵精心布置的照片墙。居中的照片特别显眼,大家动作一致,双手交叉放在胸前,微笑着,但又洋溢着满满的自信。  

  得知记者的来意后,林教授有点腼腆地说:“那我的一天其实是蛮琐碎的,我们做科研的日子很平常。”与林森杰教授的聊天,肯定离不开藻类。201511月底,国际顶尖期刊science发表了,他们关于虫黄藻及其与珊瑚礁共生机制的最新研究成果。“原来就想做这个课题,但一直没机会,回到厦大刚好有这个机会。林教授笑着说到。

显微镜下的虫黄藻。

  其貌不扬的虫黄藻,却是珊瑚礁必不可少的共生甲藻。而大约25%的海洋物种都栖息于珊瑚礁系统。近六十年来,我国珊瑚礁面积减少约80%,非健康状态占50%。比头发丝还小一百倍的虫黄藻细胞,其基因组大小却有1.2 Gbp,相当于人类基因组的一半。要了解虫黄藻及其与珊瑚礁共生的机制,可不是一件易事。

  了解虫黄藻基因组的过程,就像翻译一本密码编撰而成的故事。先依靠新一代的测序仪,获得无数的基因片段。再借助生物信息学、计算机算法,进行解密和拼接。就像翻译小说的字词句,再组成段落和章节。

  因为缺乏背景资料,需要无数次的重复和调整,与尽可能多的亲缘物种进行比较,才能系统地呈现虫黄藻基因组的结构特性。林森杰教授课题组的这项研究,解密了虫黄藻基因组故事中丰富的基因组结构小节,呈现了和珊瑚礁共生协作机制的精彩情节,在这个领域做到了国际领先。

 

  九点半,是两个博士生的中期考核报告。在场的除了林森杰教授,还有硕士、博士、高级工程师、新晋青年教师。这样的汇报,更像是头脑风暴式的讨论。博士生展示这阶段的研究进展,大家在旁提出疑问和建议。“那么这两组数据之间是否存在关联性?”“要了解是否存在这个代谢途径,必须在基因组里用各种方法进行彻底挖掘。”“应该思考下,探究一下有没有另外一种可能。”……所有人都很认真的那种气场,让记者想起了林教授说起的回国初衷:“希望能把国外的学术气氛带回来,让这边的年轻人,专心搞科研,拥有专业的精神。”

 

  中期考核结束后,是林教授与学生的一对一深聊。每个人需要半小时左右,大概要持续一整天。即便是林教授出差在外的时候,这样的交流都是定期开展,要么面对面,要么通过网络电话skype。也正是这样的国际化状态,让他和他的团队保持一种国际化的视野。就像虫黄藻这个课题,在夏威夷采的样本,联合行业专家华大基因测序,邀请美国和加拿大的专家学者共同攻关。“不要把自己的思维锁在一个盒子里。”这是林教授在与学生交流时所说的。

 

  中午在一楼的咖啡厅,课题组的几位老师一起吃了个工作简餐,高级工程师李凌递上了新的基因组数据,与林教授商讨下一步科研项目的开展时间表。一旁的助理研究员林昕也加入了讨论,一起商量下学年的课题进展和项目申报。林昕2007年起参加了厦大与康涅迪克大学的联合博士培养项目,当时便是师从林森杰教授。2010年获悉林老师加盟海洋与地球学院后,就申请成为林老师厦大研究团队的博后,从2011年项目立项开始就参与了虫黄藻这一研究课题。她从林教授的学生,慢慢成长为一名日渐成熟的青年科研工作者。席间,林教授开起了玩笑:“我反正年纪大了,慢慢要退出舞台了,但你们请我吃饭,我还是会来的。” 

  当时间调回2011年,当时的林森杰教授已经经由“千人计划”回到厦大,厦门大学海洋生态基因组学实验室进入筹备期,课题组逐步开始了虫黄藻基因测序,以及和珊瑚礁的共生关系研究。

  2011年,也是厦门大学“十二五”规划的开局之年。

  今天,林森杰教授和他的团队,在Science发表了这篇论文。这时“十二五”规划也接近尾声。历史似乎充满着巧合,但细究之下,又有着必然。一项科学成果的诞生,是需要物力财力的大量投入,需要国际高端人才的加入,需要整个科研团队的努力,更需要有长远的规划和足够的耐心。

  现在,时间走向2015年底,《厦门大学“十三五”规划和远景规划(讨论稿)》近期已提交学校教代会讨论。林森杰教授和他的科研团队又开始了新的甲藻的研究。

采访手记:

  采访之前,在查询林森杰教授的学术成就资料时,看到的最多表述是“首次”。“首次将PCNA方法应用到浮游植物细胞周期和生长率现场观测。”“首次在浮游植物里克隆了线粒体细胞色素B基因。”“首次在甲藻门内发现mRNA编辑现象。”……也许就是那么多个首次,让林森杰教授被称为“具有开拓性的海洋生态年轻知名学者”。

  但与林森杰教授的接触中,又会感觉他的平静温和。正如他在课题组中的角色,似乎就在潜移默化中,影响着大家都带有对“首次”追求的基因。闲聊期间,课题组的成员开玩笑说道:“当时开始做这个项目时,就是奔着Science或者Nature去的。”虽是一时趣谈,但也是一种视野。当按照国际的标准来衡量工作的水平时,离世界一流可能就会近一点。

  或许,对于“首次”追求,让他们在最开始,就要选择一条最难的路。


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